我國的衛生醫療體系自民國84年全民健保推動及民國92年SARS事件爆發以後，對於具有公共衛生宏觀面的人才需求增加。同時社會經濟快速發展之後所衍生的環境與職業危害暴露問題，致使對環境與職業衛生專業人才的需求量也加大。早年國內衛生單位、醫院及相關機構的在職人員實務性進修課程，多是藉著與美國Johns Hopkins及Tulane等公共衛生學院合作，選送人才到美國進修取得MPH學位。臺大公共衛生學院鑑於國外公共衛生碩士學位學程（MPH）發展的經驗，為培養國內社會所需人才，特別針對已有實務經驗的相關領域人力提供公共衛生碩士學位學程進修課程。此一學程之設立也同時回應了民國95年4月臺大公共衛生學院接受評鑑時院外評鑑委員一致認為本院應著手成立公共衛生碩士學位學程之建議，整合院內資源以培養國內公共衛生實務人才。同時，歷經多任院長領導與全體院內師生努力，臺大公共衛生學院已於民國106年正式通過美國公共衛生教育委員會（CEPH）的評鑑，這不但是亞洲，也是北美洲以外第一所獲得CEPH認證的公共衛生學院。CEPH的認證分為3年、5年與7年，臺大公衛學院於2023年3月獲得最長7年的認證，顯示學院的教學、研究、服務等項目皆獲得相當的肯定，具有與國際名校比肩的水準，對於公衛學院的國際化，以及學生畢業後的出路，實為極大的肯定與助益。由於公共衛生碩士學程在CEPH認證系統中佔有相當重要的份量，因此本院獲得CEPH認證之後，使得本公共衛生碩士學位學程未來的發展更具前瞻性。

      公共衛生領域所面臨的全新挑戰，需要大量擁有跨學科觀點與思維之專業人才。近幾十年來，為了回應因為社會與經濟快速轉型而產生的新興議題，我們需要更多具有跨領域專業的公衛從業人員。同時，私部門組織，像是健康照護提供者或其他公共衛生領域中的私立機構，也逐漸體認到員工在職進修的需求。在過去，相關的培訓主要依賴臺灣和國外擁有公共衛生碩士學位學程的大學合作而達成。然而國外的經驗並無法有效滿足國內特性的需要，因此臺大公衛學院決定創設公共衛生碩士學位學程，為臺灣本地的專業人力提供相關實務經驗，並為社會培植未來的公衛專業人才。

　　臺大公共衛生碩士學位學程成立於2007年10月，此學程不同於一般研究所設立的理學碩士學位(如M.S.)學制。一般的理學碩士學位訓練著重於學術研究專業人士的培養，而公共衛生碩士學位學程的特色在於整合大學中所有的資源，結合理論與實務，培養具有科學方法與策略思維的公衛專業人才，2007年本學程設立之初，包含三個相關領域：社區健康科學、環境與職業衛生，以及衛生政策與管理。2010年起，學生人數擴展為40人，並增加為五個領域，包括生物統計、流行病學與預防醫學、社會及行為科學、健康服務管理，以及環境健康科學。臺大公共衛生碩士學位學程為臺灣第一個跨領域的碩士學位學程，也是國內第一個針對公共衛生專業領導人才所設立碩士學位學程。本學程是專門為擁有熱忱致力於增進人類公眾健康的專業人員所設計的。

　　臺大公衛碩士學位學程整合公衛學院中跨學科的資源，以培育公衛領域的領導人才。我們的核心價值為CITE，即關懷(compassion)、求真(integrity)、團隊(teamwork)、平等(equality)。我們深信公共衛生專業人員必須具備這樣的特質，才能發展成為一個負責任的社會。我們希望所有教師和學生在從事學術研究與實務工作時，都秉持CITE的核心精神，建立一個符合公共衛生需求的高度專業、安全、公平和有效的醫療系統和環境。為了追求這個使命，公共衛生碩士學位學程提供了豐富且嚴謹的教育，以培育第一線專業人員，注重人權、具有國際視野，並為全人類的福祉而努力。